Прошло почти полгода с момента гибели Кишина. Никто из учеников не вспоминает о былом: все готовятся к годовым экзаменам, ведь до них остался всего месяц! Но Медузу, которая сумела выжить после того, как её «убила» Мака, это не волнует. Ведьма разрабатывает коварный и жестокий план, согласно которому Шибусен будет уничтожен изнутри своими же учениками, которые не даже не успеют ничего заподозрить, делая все для успешного и быстрого исполнения планов Медузы... Она находит пятерых подростков и смешивает их кровь с чёрной кровью существ, подобных Рагнарёку, продолжая эксперименты, а затем отправляет своих новых приспешников в Академию, тем самым получая информацию обо всем, что происходит внутри. Все пятеро получают одно и то же задание - они должны, нападая на учеников и учителей, уничтожить Шибусен изнутри. И пока что все идет по плану расчетливой ведьмы, даже не смотря на то, что в Академии и ученики, и учителя уже заподозрили неладное и активно составляют планы противодействия. Тем временем Медуза привлекает на свою сторону все более мощных противников, и даже временно объединяется с Арахной, чтобы общими усилиями уничтожить Академию и всех ее учеников. А через некоторое время появляется и тот, кто может стать новым Кишином, не в пример мощнее своего предшественника. Получится ли у Шибусена выиграть схватку со своими многочисленными противниками на этот раз, или Академия потерпит свое окончательное поражение?
*Игра стартует 1 мая 2012 года по игровому времени. Отыгрыш первой арки стартует 7 мая 2012 года по игровому времени
|7 мая 2012 года, четверг|
В середине учебного дня прямо на территории Шибусена приспешники Медузы нападают на одного из лучших учеников. Такое случилось впервые за всю историю Академии. После уроков учителя собираются на тайный совет у Шинигами, чтобы обсудить случившуюся ситуацию, найти причины, из-за которых она возникла, составить список подозреваемых и вычислить предполагаемого противника.
|8 мая 2012 года, пятница|
Хрона подозревает некоторых учеников. Немного поразмышляв над сложившейся ситуацией, девушка решает посоветоваться с Макой. В Шибусене Окс приглашает всех учеников на свое неофициальное собрание, посвященное недавним событиям, которые потрясли всю Академию. У каждого из учеников складывается своя версия произошедшего, которую они планируют озвучить на собрании.
|9 мая 2012 года, суббота|
Проводится неофициальное собрание школьников, создаётся список подозреваемых. Вечером один из приспешников Медузы встречает Хрону и сообщает ей, что ведьма хочет отомстить Академии и просит свою дочь помочь в осуществлении своего плана. Хрона отказывается, в результате чего чуть не подвергается нападению со стороны своего приспешника, но девушке удается сбежать, и она приходит к Маке, желая получить совет.
|10 мая 2012 года, воскресенье|
Соул и Блэк Стар, в тайне от всех, даже от своих напарниц, решают караулить преступников в Шибусене, и ночью отправляются на поиски. А Кид с сёстрами Томпсон узнают от Шинигами, что Арахне удалось выжить и незамедлительно отправляются на её поиски.
|11 мая 2012 года, понедельник|
Хрона рассказывает Шинигами о разговоре с приспешниками Медузы. Мака и Цубаки, догадавшись о произошедшем со своими напарниками, отправляются в Шибусен, чтобы их найти. Но в Академии девушки чуть не подвергаются нападению со стороны Соула и Блэк Стара.